Ethan Burke, agente dos serviços secretos dos Estados Unidos, investiga o desaparecimento de dois agentes federais na pequena e bucólica cidade de Wayward Pines, no Idaho. Em vez de respostas, a investigação começa a desenterrar apenas mais questões. Que se passa em Wayward Pines? Cada passo mais perto da verdade afasta Ethan da sua vida pessoal, do papel de marido e pai, até ser obrigado encarar o facto de que poderá não sair com vida daquela cidade.